Eclettico e visionario scienziato ed esploratore, Lilly ha portato significativi contributi alla psicologia, alla medicina, alla cibernetica e alla filosofia; a lui si deve anche la teoria del modello della mente come biocomputer, modello descritto nel celebre lavoro Programming and Metaprogramming the Human Biocomputer. Theory and Experiments (1972)-
Nell'unico libro tradotto in italiano, Il Centro del ciclone, Lilly presenta le sue numerose ricerche e autosperimentazioni con LSD e gli approfondimenti dal lato spirituale della vita e degli spazi interiori stimolati da questa ricerca. Seguace di una ricerca filosofica sulla natura della mente e della realtà, Lilly fu unanimemente considerato un'autorità nel campo accademico e lavorò con le massime personalità del suo tempo, dai fisici Richard Feynman e Robert Milliken e filosofi e scrittori Alan Watts e Aldous Huxley, e gli psichiatri R.D. Laing e Oscar Janiger.
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