Direttore del Museo di Storia Naturale di Parigi dal 1951 al 1965, è stato uno dei più importanti micologi del Novecento. Fervente antinazista, militò nella Resistenza francese e fu deportato a Buchenwald e a Mathausen.
Fu anche strenuo difensore della natura e un ecologista ante litteram, mobilitandosi per la difesa della foresta di Fontainebleau e per la salvaguardia dei varani di Komodo. Queste battaglie gli valsero la nomina di presidente dell'Unione Internazionale per la Conservazione della Natura.
Il suo nome è legato soprattutto alla storia della riscoperta dei funghi sacri messicani, in cui fu fedele compagno d'avventura di R.G. Wasson, contribuendo all'identificazione di numerose specie di funghi fino allora sconosciuti alla scienza occidentale, alcune delle quali portano ancora oggi il suo nome, ad esempio la Psilocybe mexicana Heim, la Psilocybe aztecorum Heim, la Conocybe siligineoides Heim.
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